In 1836 – 1839 bouwde Johann Heinrich Holtgräve (1798 – 1844) te Deventer het tegenwoordige orgel, doch hij nam daarbij vele delen  (o.a. diverse complete registers) uit het vroegere orgel over. De geschiedenis van het instrument gaat terug tot de tijd waarin Jan Pz. Sweelinck’s grootvader en oom aan de Grote kerk als organist verbonden waren.
Frans Casper Schnitger voerde in 1720 – 1722 grote vernieuwingen aan het orgel uit, maar helaas is hiervan het contract niet bewaard gebleven.
Holtgräve deed in 1835 uitvoerige onderzoekingen in het orgel van de Grote kerk en hij had de grootst mogelijke waardering voor het historische materiaal en de constructie. Zijn uitvoerig bestek ging uit van een orgel van 62 stemmen! De kerkvoogden vroegen aan de fa. Bätz en Co om commentaar op dit bestek, hetgeen uitvoerig is geschied. Het plan van Holtgräve vond Bätz te breedsprakig en verward en hij maakte een nieuw bestek, voor een orgel van 45 stemmen.
Holtgräve tekende hier op in  voor fl. 9890,- en verkreeg de opdracht, omdat hij goedkoper was dan zijn stadgenoot Naber. Op 18 augustus 1839 is het werk gereed en keurmeesters stelden vol bewondering vast dat “dit werk onder de fraaiste orgels in ons land genoemd mag worden”.
Helaas hebben enkele grote ingrepen het instrument daarna ernstig beschadigd. In de jaren 1972 – 1975 werd het orgel grondig gerestaureerd naar de situatie van 1839 door de fa. Flentrop onder adviseurschap van dr. Vente. Teneinde de klankkleur van 1839 te kunnen herstellen kreeg het orgel negen nieuwe tongwerkregisters (acht kopieën van Schnitgertongwerken uit Alkmaar en de Fagot 16’ naar kopie van de Bovenkerk te Kampen) en werd de oude windvoorzienig weer in gebruik genomen en de dispositie gereconstrueerd.

Dispositie

De dispositie van het huidige orgel luidt als volgt:
Hoofdwerk (manuaal II)
prestant 16 (1839)
octaaf 8 (1722 en ouder)
octaaf 4 (1839 en ouder)
quint 3 (1839)
octaaf 2 (vóór1722-1839)
mixtuur IV-VIII (1722-1839)
sesquialter IV (1722-1839)
cornet V     (1839)
bourdon 16 (1839)
roerfluit 8 (1722)
gemshoorn 4 (1722-1839)
fagot 16 (1975)
trompet 8 (1975)
afsluiter  

Rugpositief (manuaal I)
prestant 8 (1839)
octaaf 4   (1839)
quint 3  (1722-1839)
octaaf 2 (1722 en 1839)
 mixtuur III-VI  (1722-1839)
 holpijp 8  (1839)
quintadeen 8 (1839)
roerfluit 4 (1839 en ouder)
fluit 2 (1722)
dulciaan 8 (1975)
trompet 8 (1975)
tremulant  
afsluiter  


Bovenwerk (manuaal III)
baarpijp 8 (vóór 1722-1839)
octaaf 4   (1722 en ouder)
holpijp 8 (1839)
viola  di gamba (1839)
open fluit 4  (1839)
quintfluit 3 (1722)
woudfluit 2 (1722)
tertsfluit 1 3/5 (1975)
sifflet 1   (1975)
vox humana 8 (1975)
trompet 8 (1975)
tremulant  
afsluiter  

Pedaal  
prestant 16 (1839)
octaaf 8 (vóór1722-1839)
quint 6 (vóór 1722)
octaaf 4  (vóór 1722-1839)
subbas 16 (1839)
fluitbas 8 (1839)
fluit 4   (1839)
bazuin 16 (1975)
trompet 8 (1975)
trompet 4   (1975)
afsluiter  

Koppelingen
Pedaal – HW
HW – Rugpos. Disc. en Bas
HW – Bovenw. Disc. en Bas
Rugp. – HW Disc. En Bas


=============================