Minderbroeders Franciscanen hebben in ongeveer 1335-1338 de Broederenkerk (vandaar de naam) gebouwd naast hun klooster (dat al enkele tientallen jaren bestond en nu verdwenen is). Voor de bouw van de kerk, die aanvankelijk kleiner was dan nu, hadden ze een sponsor: prinses Eleonora van Engeland, getrouwd met hertog Reinald van Gelderland. De broeders vormden maar een kleine kloostergemeenschap. Zij bestemden het kerkgebouw vooral ook voor de bewoners en bezoekers van Deventer. Het was een kerk zonder drempels en zonder overbodige aanbouwsels: een preekkerk met maar twee beuken. In de markt- en Hanzestad aan de IJssel vormde het gebouw een levendig middelpunt van geloofsleven. Een centrale functie vervulde het voor Geert Groote en zijn volgelingen, broeders en zusters van het gemene (gemeenschappelijke, gewone) leven.
Na de hervorming kwam hier eerst ongeveer een eeuw de gereformeerde gemeente bij elkaar, daarna ook ongeveer een eeuw de Waalse (Franssprekende protestantse) kerk. De drukke en kleurige inrichting uit de tijd van de broeders was toen verdwenen onder de witkalk.
Bij de herverdeling van de stadskerken kreeg de katholieke geloofsgemeenschap het gebouw in 1799 in handen en dat is sindsdien zo gebleven. De tegenwoordige parochie van St. Lebuïnus gebruikt het gebouw voor de inwoners en gasten van de stad Deventer. In de negentiende eeuw en daarna is het interieur in de geest van die tijd opnieuw versierd en ingericht. Het was de tijd van de neogotiek. Uit die periode dateren de gewelven, de pilaren, de ramen, het klokkentorentje, de orgelgalerij en het portaal.
In de jaren 2012-2013 heeft een grote restauratie plaatsgevonden. Daarbij is het oorspronkelijke liturgisch centrum (dat vanaf 1972 plaats had moeten maken voor een houten podium in het midden van het gebouw) hersteld, is een nieuwe vloer gelegd en is het Ibachorgel uit 1865-1868 in de oorspronkelijke staat teruggebracht. Dat laatste versterkt de functie van de kerk als gewaardeerde locatie voor concerten.