Het orgel is in de jaren 1841-1843 vervaardigd door de Deventernaar Johann Heinrich Holtgräve. De orgelbouwer werd in 1798 in Westerkappeln bij Osnabrück geboren en vestigde zich in 1834 in Deventer. Daar moest hij het opnemen tegen het bedrijf van C.F.A. Naber, dat daar al langer gevestigd was en een goede naam had opgebouwd.

De carrière van Holtgräve heeft niet lang geduurd. In 1844 overleed hij op 46 jarige leeftijd. Des te opmerkelijker is het dat zowel de Lebuinus- als de Bergkerk een orgel van zijn hand kregen en niet van Naber. De offerte van Naber voor de ombouw van het Schnitgerorgel (1722) in de Lebuinuskerk lag bijna f 4000,= hoger dan de f 9890,= waarvoor Holtgräve uiteindelijk op 31 december 1835 de opdracht kreeg. Het in 1839 voltooide instrument vertoonde al spoedig storingen. Al in juni 1853 kreeg Naber de opdracht voor een grondige revisie.

Holtgräve ging voor zijn tijd zorgvuldig om met waardevol pijpwerk uit vorige orgels. Dat gebeurde in de Lebuinuskerk en ook enigszins in het orgel van de Bergkerk (1843). Holtgräve maakt bij de bouw gebruik van enig pijpwerk uit een vroeger orgel dat al in 1514 in de Bergkerk stond en in 1639 werd verbeterd en uitgebreid door de Gebr. Baders uit Unna. Holtgräve gebruikte de pijpen van de Holpijp 8' en de discant van de Quint 3' uit 1639. (Baders).

In 1866 werd het orgel gerepareerd door Hermannus Gerhardus Holtgräve, een zoon van de bouwer. In 1980-1981 werd het Bergkerkorgel grondig gerestaureerd door Blank te Herwijnen. Windladen, balgen, mechanieken en pijpwerk werden zorgvuldig hersteld. Van het plaatsen van een Fluit travers 8' discant op dit manuaal, waarvoor eveneens ruimte was gereserveerd, moest wegens het ontbreken van financiële middelen worden afgezien. Op een open plaats op het rugwerk werd een nieuwe Mixtuur geplaatst, waardoor dit klavier veel aan zelfstandigheid won.

De Bergkerk heeft een rijke akoestiek, waarin het rugwerk van het orgel veel intenser klinkt dan het hoofdwerk. Het pedaal is aangehangen aan het hoofdwerk, maar dat bezwaar is niet zo groot wanneer men bedenkt dat het hoofdwerk over drie 16-voets registers beschikt. Het hoofdwerk heeft 12 registers en het rugwerk 11. Het instrument is Duits romantisch van klankkleur.

De dispositie van het Holtgräve-orgel

Hoofdwerk (Man. I)
Prestant 16'
Bourdon 16'
Octaaf 8'
Holpijp 8'
Octaaf 4'
Gemshoorn 4'
Quint 3'
Octaaf 2'
CornetVDisc. 8'
Mixtuur IV
Fagot 16'
Trompet 8'   

Rugpositief (Man. II)
Prestant 8'
Roerfluit 8'
Salicionaal 8'
Octaaf 4'
Open fluit 4'
Quintfluit 3'
Octaaf 2'
Woudfluit 2'
Mixtuur III
Trompet 8'
Fagot 8'

Aangehangen pedaal Klavierkoppeling Tremulant 2 Sperventielen

Manuaalomvang: C-f'' Pedaalomvang: C-d'

Stemming : gelijkzwevend, a1 = 440 Hz

Het orgel in de Bergkerk is Duits romantisch van klankkleur, dat van de Lebuinuskerk draagt de weerklank van de late barok. Holtgräve zocht hier bewust aansluiting bij F.C. Schnitger en verwerkte veel van diens pijpwerk.